У новому уряді Віктора Януковича було чимало людей, які працювали у першому складі уряду. Так першим віце-прем´єром та міністром фінансів стає Микола Азаров. Віце-прем´єрами Уряду стають Андрій Клюєв, Дмитро Табачник та Володимир Рибак (він же – Міністр будівництва, архітектури та житлово-комунального господарства). Міністром Кабінету Міністрів стає Анатолій Толстоухов, який посідав цю ж посаду у попередньому Уряді. З колишніх міністрів в новий Уряд також були призначені Михайло Папієв (міністр праці та соціальної політики), Юрій Бойко (міністр палива та енергетики), Сергій Тулуб (міністр вугільної промисловості). Згодом в Уряд було введено таких людей, як Олександр Кузьмук, Віктор Слаута (на посади віце-прем´єрів), Олександр Лавринович (міністр юстиції). Янукович ретельно добирав кадри для роботи у виконавчій сфері.
За Конституцією України посади Міністра закордонних справ, Міністра оборони, голови СБУ та Генерального прокурора були визнані компетенцією Президента. Міністром закордонних справ залишається Борис Тарасюк, міністром оборони – Анатолій Гриценко.
За погодженням із Президентом частина міністерських портфелів була віддана «Нашій Україні». Так міністром внутрішніх справ залишається Юрій Луценко (який у 2005 році переслідував представників Партії Регіонів). Віктор Янукович вирішив закрити на це очі. Міністром культури стає колишній директор Канівського заповідника Ігор Ліховой. Міністром охорони здоров´я – Юрій Поляченко. Міністром юстиції – Роман Зварич. Міністром з надзвичайних ситуацій – Віктор Балога. Міністром сім´ї, молоді та спорту - Юрій Павленко.
Партія регіонів була представлена в Уряді також такими іменами, як Василь Джарти (міністр охорони навколишнього середовища), Володимир Макуха (міністр економіки), Іван Ткаленко (міністр зі зв´язків з Верховною Радою).
Соціалістична партія отримала портфелі Міністра освіти і науки (Станіслав Ніколаєнко), міністра транспорту та зв´язку (Микола Рудьковський). Комуністи отримали пости міністра промислової політики (Анатолій Головко) та міністра аграрної політики (Юрій Мельник). Щоправда, обидва не мали жодного стосунку до Комуністичної партії.
Таким чином, процес формування Кабінету Міністрів закінчився. Почалися робочі будні.
16 вересня 2006 року Віктор Ющенко вирішив провести реорганізацію президентської вертикалі. Глава Секретаріату Президента Олег Рибачук пішов у відставку (не в останню чергу тому, що допустив реванш Віктора Януковича та його команди). На його місце прийшов Віктор Балога, який раніше очолював міністерство з надзвичайних ситуацій. Наступником Балоги у міністерстві стає висуванець Партії Регіонів Нестор Шуфрич. Балога, як прихильник жорстких методів у політиці і посилення президентської вертикалі, розпочав з втілення конфронтаційних моделей і сценаріїв у стосунках між Президентом та Урядом.
21 вересня 2006 року Віктор Янукович відвідав Москву, де відбулася його зустріч із Президентом Володимиром Путіним. Україна і Росія домовилися почати роботу міждержавної комісії зі співробітництва і підписали угоду про збереження для України до кінця 2006 року ціни на російський газ на рівні $95 за 1000 куб. м
10 жовтня сталася перша сутичка. На засідання Кабінету Міністрів було запрошено Президента і спікера парламенту. За кілька хвилин перед початком засідання з залу було винесено президентський штандарт – це означало, що Віктор Ющенко відмовився від участі у засіданні. Причиною було те, що Ющенку було відмовлено у праві засідати на центральному місці, яке – по протоколу – має бути відведене головуючому, тобто, прем´єр-міністру. З цього часу Кабінет Міністрів та Президент почали боротьбу між собою, і якщо на початках ця боротьба не виходила за рамки пристойності, починаючи з листопада місяця президентська команда перейшла до активних дій проти прем´єра та Уряду.
Секретаріат Президента розпочав справжню блокаду ініціатив Уряду – через губернаторів та голів районних адміністрацій ініціативи уряду бойкотувалися і саботувалися. Нагорі приймалися важливі і правильні рішення, але вони не знаходили свого відображення і підтримки на низовому рівні.
У листопаді 2006 року з уряду йдуть Роман Зварич, Юрій Павленко та Ігор Ліховой. Їх місця займають Олександр Лавринович, Віктор Корж та Юрій Богуцький.
У грудні 2006 року конфлікт між Президентом та Урядом перейшов у режим широкомасштабної війни. У грудні у відставку було відправлено міністра закордонних справ України Бориса Тарасюка та міністра внутрішніх справ Юрія Луценка. На місце Тарасюка Президент запропонував кандидатуру 32-річного Арсена Яценюка. Міністром внутрішніх справ стає соціаліст Василь Цушко.
13 грудня уряд Януковича розповсюдив спеціальне звернення, в якому звинуватив Президента Ющенка у свідомій дестабілізації ситуації. Відзначалося, що рішення Ющенка накласти вето на проект бюджету на 2007 рік спровоковано «ілюзією можливого розпуску Верховної Ради та проведення дострокових парламентських виборів». У відповідь на це Секретаріат Президента звинуватив Віктора Януковича у порушенні Конституції України, оскільки у проект бюджету, нібито, закладено занижені рівні заробітних плат і пенсій. Але 22 грудня Ющенко підписує раніше ветований ним закон про бюджет. За словами Януковича, для цього йому довелося домовитися з Президентом про те, що за наслідками першого кварталу 2007 року бюджет буде переглянуто, а рівень пенсій і заробітних плат буде приведено у відповідність до прожиткового мінімуму. Справедливості ради варто сказати, що у першому півріччі 2007 року вдалося суттєво підвищити заробітні плати і пенсії!
10 січня 2007 року Віктор Янукович на засіданні Кабінету Міністрів закликав «залишити в минулому році весь негатив» у сфері співробітництва уряду з Секретаріатом Президента та Ющенком особисто, а позитивний досвід взяти на озброєння. На його думку, необхідно було зробити все можливе, щоби співробітництво між усіма гілками влади сприяло в цілому ефективній роботі.
Однак вже 12 січня 2007 року починаються нові протистояння – знову ініційовані Президентом. Саме цього дня Верховна Рада прийняла закон «Про Кабінет Міністрів України». Раніше Президент наклав на нього вето. Але Партія Регіонів використала голоси Блоку Юлії Тимошенко – і спільними зусиллями вето було подолано. Президент не очікував такої поведінки від Тимошенко і звинуватив її у зраді, а Януковича – у спробах послабити президентську вертикаль. У відповідь Янукович заявив, що Президент відмовився від конструктивної роботи, оскільки йому було запропоновано для балансу внести одночасно з законом «Про Кабінет Міністрів України» і закон «Про Президента України». Але Віктор Ющенко не пішов на цей крок. До того ж у роботі над законопроектом працювали не лише юристи Кабінету Міністрів, а й фахівці із Секретаріату Президента. Закон дійсно обмежував права Президента, натомість розширював повноваження Кабінету Міністрів. Спроби Президента протистояти впровадженню Закону в життя потерпіли фіаско.
16 січня 2007 року Віктор Янукович виступив із заявою, якою закликав членів Кабінету Міністрів прискорити роботу над новим законом про засади зовнішньої і внутрішньої політики. Він відзначив, що лише після стабілізації ситуації в країні вона матиме надійних партнерів, і тоді можна буде будувати довгострокові плани, які підуть на користь Україні».
Між тим здобутки Уряду Януковича знову були чималими. Не зважаючи на те, що йому чинилися перешкоди, Уряд Януковича продемонстрував зростання темпів розвитку.
Початок 2007 року приніс і важку втрату: на полюванні внаслідок нещасного випадку загинув один з найближчих соратників Віктора Януковича, колишній харківський губернатор Євген Кушнарьов, який у Партії Регіонів відповідав за ідеологічну роботу. Євген Петрович був одним з найавторитетніших українських політиків. Він стояв біля витоків демократичних процесів в Україні, був одним з ініціаторів створення Демократичної платформи в КПУ. Янукович цінував те, що союз із Кушнарьовим забезпечує йому притік нових регіональних сил, лояльність Харківщини і перетворення проекту Партії регіонів на справді загальноукраїнський проект…
Між тим протистояння між Президентом і Прем´єр-міністром загострювалося. Чимала кількість народних депутатів вирішили за доцільне перейти у табір Віктора Януковича – як потенційно найсильнішого на той час політика. Дійсно – у лютому 2007 року починається відтік депутатів із фракцій «Наша Україна» та БЮТ і їх перехід у коаліцію.
Одночасно відбуваються трансформації в Уряді. Анатолій Кінах стає міністром економіки. Віце-прем´єрами стають Володимир Радченко та Олександр Кузьмук. Пости міністрів-нашоукраїнців в уряді займають Юрій Гайдаєв, Олександр Попов, Володимир Яцуба.
2 квітня 2007 року Президент виступає зі зверненням, у якому заявляє про порушення Урядом та парламентарями Конституції України – і розпускає парламент. При цьому він призначає дострокові вибори парламенту на кінець травня. Віктор Янукович вказує на неконституційність кроку Президента (жодних конституційних підстав для розпуску Верховної Ради не існувало). Парламент продовжує працювати, уряд – також. Більше того: приймаються нові соціальні стандарти, суттєво підвищуються заробітні плати, стипендії, пенсії. Рейтинги Януковича йдуть угору.
Президент переносить дату виборів на червень, потім – ще раз… Парламент ігнорує Укази Президента. Віктор Ющенко намагається усунути Генерального прокурора Святослава Піскуна – той звертається по допомогу до міністра внутрішніх справ Василя Цушка. Відбувається битва за Генеральну прокуратуру, в ході якої вперше в історії України зіштовхнулися представники двох силових відомств. В повітрі запахло серйозним конфліктом. Протистояння біля стін Генеральної прокуратури показало, що у прихильників прем´єра та прихильників Президента – приблизно рівні сили і можливості.
Саме тому в середині червня у Донецьку за посередництвом Рината Ахметова відбувається зустріч Віктора Януковича та Віктора Ющенка. Сторони домовилися про нормалізацію стосунків і прийняли політичне рішення про проведення позачергових виборів Верховної Ради 30 вересня 2007 року. На час виборчої кампанії Віктор Янукович залишався прем´єр-міністром України.