В 1971 году окончил Грузинский институт субтропического хозяйства по специальности агроном.
В 1972 году работал начальником агрономического отдела Моквского эфирномасличного совхоза, затем проходил службу в армии, после этого стал инструктором Абхазского обкома комсомола.
В 1978-м возглавил сектор информации ЦК ЛКСМ Грузии, затем - отдел рабочей и сельской молодежи ЦК ЛКСМ Грузии.
С 1980 года - первый секретарь Абхазского обкома ЛКСМ Грузии.
С 1982-го - первый секретарь Очамчирского райкома Компартии Грузии.
С 1992 года - первый заместитель председателя Совета министров Абхазской АССР.
С 1993-го - первый заместитель председателя Совмина самопровозглашенной Республики Абхазия.
С 1995 года - первый вице-премьер Республики Абхазия.
В 1997-1999 гг. - премьер-министр Республики Абхазия. После отставки занимал пост генерального директора абхазской энергетической госкомпании Черноморэнерго.
В августе 2004-го общественно-политическое движение Единая Абхазия, созданное интеллектуальной и чиновничьей элитой республики, выдвинула кандидатуру Багапша на пост президента Республики Абхазия. Его также активно поддержало общественно-политическое движение "Амцахара" ("Родовые огни", движение ветеранов грузино-абхазского конфликта 1992-1993 гг.).
12 февраля 2005 года стал вторым президентом Республики Абхазия, которую отказываются признать как Грузия, так и другие члены ООН.
Как президент Абхазии, неоднократно официально встречался с президентом России Дмитрием Медведевым в Кремле — 26 июня и 14 августа 2008 года и 17 февраля 2010 года.
В ходе встречи с Медведевым 14 августа 2008 (после окончания войны в Южной Осетии), вместе с президентом Республики Южная Осетия Эдуардом Кокойты подписал (за Абхазию) шесть принципов урегулирования грузино-югоосетинского и грузино-абхазского конфликтов, ранее разработанных Медведевым и Саркози.
При Сергее Багапше состоялось официальное признание Российской Федерацией Республики Абхазия, как суверенного и независимого государства. 21 августа народный сход Абхазии принял обращение к Президенту РФ, Совету Федерации и Госдуме с просьбой о признании независимости. 25 августа Совет Федерации РФ и Государственная Дума РФ единогласно приняли обращения к Президенту РФ с предложением о признании независимости Абхазии. 26 августа 2008 Президент России Дмитрий Медведев подписал указ «О признании Республики Абхазия», согласно которому Российская Федерация признала эту республику «в качестве суверенного и независимого государства», решила установить с ней дипломатические отношения и заключить договор о дружбе, сотрудничестве и взаимной помощи.
Тревожные сигналы о состоянии здоровья Багапша впервые поступили в прессу 7 апреля 2011 в связи с его визитом в Турцию. В этот день турецкий МИД распространил официальное заявление, в котором было указано, что визит абхазского лидера вызван «состоянием его здоровья». Характер болезни и меры медицинского вмешательства не уточнялись.
21 мая 2011 года Багапш был прооперирован российскими и французскими специалистами в московской клинической больнице № 83 Федерального медико-биологического агентства (ФМБА) России в связи с проблемами в правом лёгком. Врачи признают, что С. Багапш был болен раком лёгких.
27—28 мая состояние Сергея Багапша резко ухудшилось, в связи с чем он был подключён к аппарату искусственного дыхания. 28 мая проблемы возникли и с другими органами. Несмотря на интенсивную терапию, вывести президента из состояния комы врачам не удалось. Он скончался 29 мая 2011 года не приходя в сознание.
В 2004-м к президентскому креслу шел под лозунгом "необходимости менять авторитаризм, существующий в республике вот уже 11 лет". Заявлял, что видит Абхазию независимым государством с "углубленной интеграцией российской экономики в абхазскую на взаимовыгодных условиях".
В результате выборов в республике сложилась крайне напряженная ситуация, грозившая обернуться внутренним вооруженным конфликтом. Тогда фактический лидер страны Рауль Хаджимба, ветеран Отечественной войны народа Абхазии 1992-1993 гг. и премьер-министр Абхазии, воспротивился передаче власти Багапшу, которого обвиняли в слишком тесных связях с Грузией. После переговоров с оппонентом было принято компромиссное решение идти на выборы единым блоком: Багапш - в президенты, Хаджимба - в вице-президенты (после выборов, как и договаривались, он занял этот пост).
В июне 2006 года на саммите в Сухуми главы непризнанных Абхазии, Южной Осетии и Приднестровья - Багапш, Эдуард Кокойты и Игорь Смирнов - подписали декларацию о сотрудничестве. В документе говорилось о намерении этих непризнанных республик создать совместные миротворческие силы в том случае, если из зон конфликтов выведут российских миротворцев. Кроме того, в документе подчеркивалось стремление трех постсоветских территорий развивать отношения с Москвой.
09.04.2015