Ідея автокефалії виникла разом з першими християнськими громадами. Апостольські громади були фактично автокефальними, себто вони не були зобов’язані звітувати перед іншими громадами у жодних питаннях. Тобто вони могли це робити, якщо хотіли, але не були зобов’язані. Автокефалія робила всі громади рівноправними.
У процесі розбудови Церкви та її злиття із Римською імперією християнські громади, у відповідності із логікою римського врядування, поступово розшарувалися на більш і менш привілейовані. Менш привілейовані громади стали залежними від більш привілейованих і таким чином позбавилися автокефалії. Незалежність залишилася лише у окремих привілейованих громад, на котрі було покладено відповідальність регулювати певні справи інших громад – насамперед питання висвячення та суду над єпископами. Ці громади були розташовані у адміністративних центрах Римської імперії. При чому не всі привілейовані автокефальні громади залишилися такими до кінця. Спочатку автокефальними були громади в умовних райцентрах імперії. Потім – лише в обласних. І врешті-решт автокефальними залишилися патріархати. Патріархи набули колосальних адміністративних функцій у величезних областях. Такі функції у період формування патріархатів мали лише префекти римських провінцій. Інколи патріархи навіть ставали префектами, отримуючи в одні руки повноту церковної і політичної влади.
Так відбулася перша трансформація автокефалії – від природного стану кожної громади до елітарного явища, завдяки якому визначалося місце громади в ієрархічних структурах одержавленої церкви. Автокефалія з суто церковного явища перетворилася на церковно-політичне, і відтоді завжди таким залишалася. Її правила визначалися політичною логікою і регулювалися законами імперії. Єдиним виключенням став випадок Кіпрської Церкви. Оскільки Кіпр адміністративно підпорядковувався Антіохії, місцева церква мала влитися в структури Антіохійського патріархату. Але вона запротестувала і спромоглася на Ефеському соборі 431 року зберегти за собою давній привілей автокефальності. Кіпрська автокефалія стала єдиним виключенням з загального правила політично мотивованих автокефалій (парадоксально, але наразі процедура обрання очільника Кіпрської Церкви найбільше нагадує політичні процедури виборів – через голосування всіх виборців на виборчих ділянках). Всі подальші автокефалії виникали як наслідок політичних, а не церковних процесів.
Буквально «автокефалія» означає, що місцева Церква є самоочільною. Іншими словами, автокефальна Церква сама обирає собі предстоятеля. Під впливом автокефалії змінився характер влади предстоятелів всередині автокефальних Церков. Ця влада стала більш безпосередньою та авторитарною: максимальна кількість прав і повноважень перейшло з нижчих ступенів церковної ієрархії на саму гору. Автокефалія також вплинула на моделі відносин між Церквою і державою, а також між державами. З явища внутрішньо-імперського вона перетворилася на явище, яке почало регулювати відносини Римської (Візантійської імперії) з її сусідами. Автокефалія стала інструментом дипломатії. Це сталося вже в Середні віки. Модель співвідношення автокефальної Церкви Візантії (у той час фактичним монополістом на автокефалію всередині імперії стала Константинопольська Церква) з іншими автокефальними Церквами за її межами відбивали логіку і політику міждержавних стосунків.
Внаслідок цього деякі сусіди Візантії на Балканах, приєднавшись до співтовариства православних народів, почали грати з автокефалією своїх новостворених Церков як фактором, який, як вони небезпідставно вважали, допоміг би їм забезпечити політичну самодостатність. Це стосується насамперед Болгарії та Сербії. У цей час процедура отримання автокефалії передбачала для Церкви лише формальну роль, а то й навіть її виключала. Примітним є випадок Болгарської автокефалії у X столітті. Рішення про її надання виходило навіть не від Константинопольської Церкви, а від імперського Сенату. Розгляд цього рішення Сенатом було ініційований імператором Романом І Лекапеном. До нього перед тим, у свою чергу, звернувся болгарський цар Петро. З Церквами у Болгарії та Візантії провели лише консультації, які ні до чого не зобов’язували. Коли ж Візантія посварилася з Болгарією та вступила з нею у війну, імператор Іоанн Цимісхій анулював патріарший статус Болгарської Церкви одним своїм наказом – взагалі без залучення до цього Церкви. У Середні віки, таким чином, автокефалія з церковно-політичного явища, на яке вона перетворилася у добу пізньої античності, стала явищем суто політичним.
Це стало можливим тому, що з кінця першого до середини другого тисячоліття автокефалія еволюціонувала у фактор політичної ідентичності для держав. Це була запозичена ідентичність. Її першоджерелом був Константинополь як столиця єдиної легітимної християнської імперії того часу (принаймні з точки зору православних). Болгарія, Сербія, а пізніше Московія йшли тим самим шляхом: розглядаючи автокефалію для своїх Церков як атрибут, який дозволив би їм імітувати Константинополь і Римську (Візантійську) імперію. Автокефалія перетворилася на інструмент «переносу імперії» – translatio imperii. Цей інструмент дозволяв новим політичним центрам запозичувати імперську ідентичність від Константинополя – зазвичай без згоди останнього.
Ілюстративною у цьому відношенні є автокефалія частини Київської Церкви. Вона стала можливою виключно внаслідок політичних амбіцій Московії. Московське князівство у період своєї експансії істотно не відрізнялося від попередніх прецедентів Болгарії та Сербії. Всі вони через автокефалію прагнули вступити у права спадку слабнучої Візантії.
Однак політика Москви суперечила початковому ставленню до автокефалії з боку політичного Києва декілька століть до того. Після того як великий князь Володимир охрестив Київ, Церква Києва була включена до юрисдикції Константинопольського патріархату. Князі мали або відправляти до Константинополя своїх власних кандидатів для схвалення та встановлення як митрополитів, або приймати тих, кого визначав Константинопольський патріарх. За винятком кількох випадків правителі Київської Русі намагалися не порушувати це правило. На відміну від своїх слов’янських братів на Балканах, правителі Києва не претендували на наслідування візантійським імператорам і не узурпували чужої ідентичності.
Ситуація змінилася із занепадом Києва як столиці Русі, після того як його було сплюндровано князем Андрієм Боголюбським, а потім донищено монголами у середині XIII століття. Політична та церковна спадщина Києва була розділена між двома центрами. У південно-західній частині колишньої Київської держави її наступником вважало себе Галицько-Волинське князівство, а на північному сході – Володимиро-Суздальське князівство. Перше було поглинуте у XIV столітті Великим князівством Литовським і Королівством Польщі, які 1385 року об’єдналися між собою. А Володимирсько-Суздальське князівство приблизно у той самий час було поглинуте Великим князівством Московським. Обидві держави заявляли про свої права на спадщину Києва. Вони намагалися забезпечити собі такі права, отримавши до себе Київського митрополита. Це врешті-решт призвело до «клонування» Київської митрополичої кафедри.
Одна «клонована» Київська Церква переселилася на південно-західну Русь. Її митрополити перебували у різний час у Галичі, Новогрудці, Вільно та Києві. Інший «клон» перемістився на північний схід і мав резиденцію у Володимирі-на-Клязьмі, а потім у Москві. Таке розділення Київської кафедри призвело до плутанини та зіткнень між двома частинами колись однієї Церкви, а також стало постійним головним болем для Константинополя. Який, з одного боку, повинен був задовольняти забаганки правителів обох держав, які щедро його спонсорували, а з другого боку, зберігати хоча б якусь видимість канонічного порядку.
Врешті-решт, один з «клонів» Київської кафедри, який, до речі, був у фаворитах у Константинополя через щедрість дарів, виявився також найбільш підступним та оголосив про автокефалію від Константинопольського престолу. Московія фактично пристала до середньовічного балканського сценарію автокефалії. Двома головними рисами цього сценарію було політичне проголошення автокефалії Церкви та запозичання імперської ідентичності – translatio imperii. Цей сценарій став привабливим для Москви ще перед унійним собором у Базелі-Феррарі-Флоренції (1431-1449), який став формальним приводом для проголошення автокефалії від Константинополя. Ще 1339 року Великого князя Московського порівнювали з імператорами Костянтином і Юстиніаном. Після унійного собору і друга – найважливіша—частина балканського сценарію, а саме translatio imperii, почала швидко набирати обертів. У 1461-1462 роках, з нагоди інтронізації в Москві новообраного митрополита Феодосія, було видано збірку трактатів. Це видання спонсорувалося московським двором, що означало, що збірка містила пропаганду цього Великого князівства. Перший трактат у збірці був про Ферраро-Флорентійський собор; другий – про богословські помилки латинян; а третій – про роль Великого князя Московського у глобальному Православ’ї того часу. Збірка була побудована довкола двох ідей, що стали центральними у подальшій ідеології translatio imperii: 1) московські князі взяли на себе функції Костянтина і 2) московське християнство якісніше за грецьке. Так виникла концепція Москви як третього Риму, яка тісно пов’язана з автокефалією Московської церкви. Всупереч широко розповсюдженій думці про новаторство цієї концепції, вона повністю відповідала парадигмі автокефалій, яка склалася на Балканах у ранні Середні віки.
Парадигма автокефалій суттєво змінилася у нову добу. В першій половині дев’ятнадцятого століття на православний світ накотилася нова хвиля автокефальних рухів. Як і у Середні віки, вона розпочалася на Балканах. Ця хвиля була спричинена виникненням нової політичної ідентичності у народів Європи – нації, яка замінила собою попередню імперську ідентичність. Ослаблена і занепадаюча Османська імперія забезпечила гумус, з якого відродилася ідея автокефалія, яка на той час фактично відмерла – принаймні на Православному Сході.
У XIX столітті почали утворюватися нові православні держави: Греція, Румунія, Сербія, Болгарія, Чорногорія. Основою їх ідентичності стала нація, а мотивом – боротьба з імперіями, які націю пригноблювали. Нові національні держави змінили й логіку автокефалії – принаймні для тих Церков, що вийшли з імперій. Якщо середньовічні автокефалії допомагали імперіям стверджуватися, то автокефалії нової доби ці імперії заперечували. Нова національна державність вимагала нової інтерпретації автокефалії. Також вона вимагала автокефалії—саме у такій новій інтерпретації. Ідея нації стала основною нової ідентичності православних народів на Балканах, а ідея автокефалії – основою радикальної реорганізацій Церкви у тому ж регіоні.
Автокефалія продовжувала бути атрибутом державності, але тепер її було адаптовано до національних держав. Не маючи автокефальної Церкви, нові православні держави на Балканах не вважали себе достатньо суверенними. Виборюючи собі автокефалію, вони тим самим зміцнювали свою історичну суб’єктність, незалежну від Османської та Габсбурзької імперій, а також від Константинопольського патріархату. У порівнянні з середньовіччям незмінною залишалася провідна роль держави, а змінилося лише те, що протагоністами автокефалії нині були не монархи, а національні уряди, які діяли на репрезентативних засадах від імені людей, які їх обрали. Як у Середні віки всі автокефалії були ініційовані монархами, так у новий час нові автокефалії запроваджувалися республіканськими або республікансько-монархічними урядами.
Автокефалії, що виникли в дев’ятнадцятому столітті, розвивали свої характерні риси шляхом боротьби з Османською та Австро-угорською імперіями. На початку двадцятого століття до цих імперій приєдналася Російська імперія, деякі народи якої, у тому числі український, зажадали власної автокефалії. С тих пір і до цього часу продовжується боротьба за українську автокефалію.
Автокефалія нового часу, таким чином, була винайдена наново і стала інструментом деімперіалізації і деколонізації. В основі кожної національної автокефалії у XIX – початку ХХ століть було бажання втекти від імперії. Це були імперії як у класичному виді, так і нео-імперії на кшталт Радянського Союзу. Автокефалія Польської Церкви стала прикладом спроби втекти від такої нео-імперії. У інших випадках атеїстична Радянська нео-імперія сама використовувала автокефалію на свою користь. Прикладом цього є відновлення Грузинської або легалізація Болгарської автокефалії за Сталіна.
Автокефалія і зараз залишається частиною нео-імперських проектів. Нео-радянська нео-імперія використовує цей чинник (усіляко блокуючи українську автокефалію) для свого збереження і розвитку. Між тим Україна через автокефалію намагається вийти з обрію імперії. По суті йдеться про дуже довгий конфлікт двох парадигм автокефалії – середньовічної і модернової. Більшість Православних Церков розв’язали цей конфлікт на свою користь ще сто років тому. В Україні він продовжується навіть у після-модернову добу.