В 1988 году занял в правительстве Маргарет Тэтчер должность помощника парламентского организатора, а в 1990 году состоял лордом-комиссаром Министерства финансов (Lord Commissioner of HM Treasury).
С 1997 года избирается в округе Севеноакс.
В 1997 году являлся теневым министром торговли и промышленности, в 1997—1998 — теневым министром финансов.
В сентябре 2010 года Фэллон стал заместителем председателя Консервативной партии, 4 сентября 2012 года назначен младшим министром предпринимательства в первом кабинете Дэвида Кэмерона, 28 марта 2013 года — младшим министром энергетики, а 16 января 2014 года назначен министром по делам Портсмута с основной задачей оказать городу необходимую помощь в преодолении проблем, вызванных закрытием судостроительной верфи. 15 июля 2014 года перемещён в кресло министра обороны.
На выборах 2015 года победил с результатом 56,9 % голосов, далеко опередив сильнейшего соперника — представителя Партии независимости Стива Линдсея, получившего поддержку 17,9 % избирателей. С другой стороны, по сравнению с предыдущими выборами Фэллон улучшил свой результат на 0,1 %, а ПНСК — на 14 %.
Во втором кабинете Кэмерона, сформированном по итогам выборов 7 мая 2015 года, Фэллон сохранил за собой должность министра обороны.
9 июня 2017 года Фэллон вновь получил портфель министра обороны при формировании второго кабинета Терезы Мэй.
1 ноября 2017 года ушёл в отставку с правительственной должности в разгар кампании против случаев сексуального домогательства со стороны членов парламента, признав факт ненадлежащего поведения в отношении журналистки Джулии Хартли-Брюер пятнадцатью годами ранее.
03.11.2017