Осенью 1989 года переехал во Львов, перевёлся на факультет иностранных языков Львовского государственного университета имени Франко, активно включился в общественно-политическую жизнь города (НРУ, Студенческое братство), создал здесь Грузинский культурный центр Багратиони]. Женился на львовянке Марьяне Спыхальской, но этот брак продлился недолго.
В это время президент Грузии Звиад Гамсахурдия начал преследование политических оппонентов, в число которых попал и Руслан Гонгадзе. Когда в 1991 году в Тбилиси начался антиправительственный мятеж, Георгий вернулся на родину и присоединился к повстанцам.
После победы восстания вернулся во Львов, начал заниматься кинодокументалистикой, познакомился со студенткой юрфака ЛНУ Мирославой Петришин, которая в 1995 году стала его женой. В 1997 году у них родились дочери-близнецы Нонна и Саломея (Нани и Саломе).
В 1993 году, вскоре после смерти отца, Георгий прибыл в Грузию с намерением снять документальный фильм о войне в Абхазии (1992—1993). Попав на линию фронта, присоединился к армии. Во время одного из обстрелов был тяжело ранен, его вывезли из осаждённого Сухума самолётом под зенитным обстрелом за несколько дней до падения города.
В 1993—1994 годах был главным режиссёром творческого объединения «Центр Европы» (на львовском телевидении выходила его программа «Монитор»), сотрудничал с газетой «Пост-Поступ». В этот период создал документальные фильмы «Боль земли» (1993), «Тени войны» (1994), «Колыбель» (1995), «Хранители мечты» (1996) (некоторые из них в то время демонстрировались в эфире украинского телевидения).
В 1995 году Георгий и Мирослава переехали в Киев, начали работать на телевидении (ММЦ «Интерньюз», программа «Параграф», 1995).
В 1996—1997 годах Георгий работал ведущим телепрограммы «Окна-Плюс» на СТБ. В начале 1998 года был ведущим программы «Мой» (телерадиокомпания «Гравис»). В 1998—1999 годах был фактически безработным. С 1 октября 1999 года (во время президентской избирательной кампании) начал вести ежедневную информационную программу «Первый тур с Георгием Гонгадзе» в прямом эфире радиостанции «Континент».
17 апреля 2000 в Интернете появилось издание «Украинская правда», основанное Георгием Гонгадзе. В нём, среди прочих, публиковались критические материалы о Леониде Кучме и его окружении.
Гонгадзе был автором документальных фильмов "Боль земли" (1993), "Тени войны" (1994), "Колыбель" (1995), "Охранники мечты" (1996).
28 сентября 2000 г. лидер СПУ Александр Мороз обнародовал в Верховной Раде записи, получившие впоследствии название "пленки Мельниченко". Это аудиозаписи, якобы тайно сделанные майором президентской охраны Николаем Мельниченко (в 2001 г. получил политическое убежище в США) в кабинете президента - на них Кучма обсуждает Гонгадзе как проблему поочередно с главой МВД Юрием Кравченко, генпрокурором Михаилом Потебенько, председателем СБУ Леонидом Деркачом и главой президентской администрации Владимиром Литвиным. На одной из записей президент якобы приказывает министру Кравченко "разобраться" с неугодным журналистом, а на другой Кравченко отчитывается перед Кучмой о выполненной работе. Экспертизы аудиозаписей, проведенные в США и Европе, признали подлинность голоса Кучмы. Однако из-за того, что записи Мельниченко производились на цифровой диктофон, эксперты не смогли ни доказать, ни опровергнуть возможность ее последующего монтирования.
2 ноября 2000 г. в лесу под Таращей (Киевская область) нашли обезглавленное тело, которое, как полагает следствие, принадлежит Гонгадзе.
27 февраля 2001-го Генпрокуратура Украины признала факт смерти Гонгадзе и возбудила дело по статье "Умышленное убийство".
15 мая 2001 г. Кучма заявил, что знает имена убийц. На следующий день министр внутренних дел Юрий Смирнов объявил, что убийство не имеет политических мотивов и совершено "из хулиганских побуждений" двумя уголовниками, погибшими в декабре 2000-го.
3 сентября 2002 г. ГПУ признала, что тело, найденное в лесу, принадлежит Гонгадзе.
В 2002-2003 гг. расследование гибели журналиста возглавлял заместитель генпрокурора Виктор Шокин, который еще тогда заявлял о причастности к убийству Гонгадзе сотрудников МВД.
22 октября 2003-го генеральный прокурор Святослав Пискун подписал ордер на арест генерала милиции Алексея Пукача и объявил, что расследование близится к завершению. Начальник департамента внешнего наблюдения МВД Украины генерал Пукач попал в поле зрения прокуратуры после того, как в ходе расследования выяснилось, что его подразделение вело слежку за журналистом. Генерала задержали в его рабочем кабинете и предъявили обвинение в злоупотреблении властью. 29 октября Кучма уволил Пискуна и Шокина. Состав следственной группы изменили. Пукач в ноябре 2003 г. решением Апелляционного суда Киева был выпущен из-под ареста под подписку о не выезде и скрылся от следствия.
В дни "оранжевой революции", в декабре 2004-го, Пискун добился восстановления в должности, расследование "дела Гонгадзе" возобновилось. СБУ объявила в розыск Пукача.
Новоизбранный президент Виктор Ющенко не раз заявлял, что считает делом чести наказание убийц журналиста. Генпрокурор объявил, что за помощь в поимке убийц правоохранительные органы готовы выплатить 5 млн. грн. Новый глава МВД Юрий Луценко сменил весь руководящий состав министерства и возобновил внутреннее расследование по факту незаконной слежки за журналистом.
1 марта 2005 г. Ющенко официально заявил, что убийцы Гонгадзе задержаны. 3 марта Пискун заявил, что его подчиненные намерены на следующее утро допросить экс-главу МВД Кравченко. Но 4 марта тот был обнаружен мертвым на своей даче под Киевом. Кравченко скончался от двойного пулевого ранения в голову. По мнению следствия, речь идет о самоубийстве.
23 ноября 2005-го Апелляционный суд Киева принял к рассмотрению уголовное дело по обвинению бывших сотрудников милиции Николая Протасова, Валерия Костенко и Алексея Поповича в преднамеренном убийстве журналиста. 29 августа 2006 г., после ряда судебных заседаний по делу о смерти журналиста, мать погибшего, Леся Гонгадзе, заявила, что отказывается от дальнейшего участия в процессе, поскольку не доверяет ни следствию, ни суду. Кроме того, она до сих не признает "таращанское тело" трупом сына.
15 марта 2008-го столичный Апелляционный суд приговорил обвиняемых в убийстве Гонгадзе Протасова к 13 годам, а Костенко и Поповича - к 12 годам лишения свободы. 8 июля того же года Верховный Суд Украины оставил приговор без изменения.
21 июля 2009 г. сотрудники Генпрокуратуры и СБУ задержали бывшего руководителя департамента внешнего наблюдения и криминальной разведки МВД Пукача. По сообщению правоохранителей, генерал сразу же подтвердил свою непосредственную причастность к убийству журналиста.
Печерский районный суд Киева 29 января 2013 года признал бывшего генерала МВД Украины Алексея Пукача виновным в убийстве в 2000 году известного украинского журналиста Георгия Гонгадзе и приговорил его к пожизненному заключению.
19 апреля 2006 года имя Георгия Гонгадзе было присвоено Машиностроительной улице города Киева.
9 февраля 2007 года Машиностроительной улице вернули её старое название, а в честь Георгия Гонгадзе переименовали проспект Советской Украины.
22 декабря 2008 года в Киеве в сквере на улице Большой Васильковской (Красноармейской) был открыт памятник Георгию Гонгадзе и журналистам, погибшим за свободу слова. Мать журналиста была против установки памятника.
Журналисту присвоили звание почетного гражданина Киева.
Его именем названа общеобразовательная школа № 329 «Логос» в городе Киеве.
21.05.2015