Родился 30 мая 1956 года в Варшаве, Польша.
В 1986 году окончил Высшую торговую школу в Варшаве (тогда — Главная школа планирования и статистики). Получал последипломное образование в ведущих западных университетах (в том числе в Оксфордском
университете).
В 1997 г. в Институте политических исследований Польской академии наук защитил диссертацию на соискание ученой степени доктора гуманитарных наук (PhD) на тему «Система европейской безопасности после
окончания „холодной войны“».
В 2008 году на факультете журналистики и наук о политике Варшавского университета ему была присвоена ученая степень хабилитированного доктора (Dr. hab.) гуманитарных наук на основании успешной защиты
диссертации на тему «Теории международных отношений. Критика и систематизация».
В 2016 году получил ученое звание профессора.
Начиная с 1970-х годов сотрудничал с демократической оппозицией, работал в «Солидарности» и Движении «Свобода и мир». Ранее сотрудничал с Комитетом защиты рабочих. В период военного положения был
интернирован на срок более 11 месяцев.
В 1988—1990 гг. был членом Гражданского комитета при председателе профсоюза «Солидарность»
.
В 1990 г. начал работу в Министерстве иностранных дел на должности вице-директора, директора Консульского департамента и эмиграции (1990—1992 гг.), в 2006—2008 годах — директор Департамента стратегии
и планирования внешней политики.
Был заместителем председателя Совета государственной службы (2007—2009 гг.), Административного совета Европейского института публичной администрации в Маастрихте (2006—2010 гг.) и Совета
государственной службы при Председателе Совета министров Польши (2007—2009 гг.).
В 2008—2012 годах занимал должность директора Национальной школы публичной администрации.
В 2014 г. был членом программного совета партии «Право и справедливость».
15 сентября 2017 г. премьер-министр
назначила его на должность заместителя госсекретаря в Министерстве иностранных дел.
С января 2017 г. занимал пост директора Дипломатической академии МИД Польши.
9 января 2018 года, при формировании нового состава правительства Польши Яцек Чапутович был назначен министром иностранных дел Польши.