Родился 19 января 1947 года в Липно, Влоцлавское воеводство.
В 1970 году с отличием окончил факультет внешней торговли Главной школы планирования и статистики в Варшаве (ныне Варшавская школа экономики). Работал там же научным сотрудником и преподавателем.
В 1969 году вступил в правящую Польскую объединенную рабочую партию (ПОРП).
В 1972—1974 годах обучался в Университете Св. Иоанна в Нью-Йорке (США).
В 1975 году защитил докторскую диссертацию в Главной школе планирования и статистики в Варшаве.
В 1978 — 1980 годах работал в Институте марксизма-ленинизма в Варшаве.
В 1978—1981 годах возглавлял группу ученых, разрабатывавшую альтернативный проект экономических реформ в Польше. Стал членом польских социологического и экономического обществ. Постоянно участвовал в научных конференциях в ФРГ, Великобритании, Швеции, Индии, Венгрии и других странах.
В 1980—1981 годах — консультант профсоюзного объединения «Солидарность».
В 1981 году вышел из состава Польской объединённой рабочей партии (ПОРП).
В феврале — апреле 1989 года участвовал в конференции «круглого стола» между ПОРП и оппозицией. Был координатором деятельности Европейской экономической ассоциации в Польше.
В августе 1989 года Лех Валенса после долгих поисков подходящей кандидатуры предложил Бальцеровичу войти в первое правительство «Солидарности» и возглавить экономические реформы в Польше.
12 сентября 1989 года Бальцерович занял пост вице-премьера и министра финансов в правительстве Тадеуша Мазовецкого. Он также возглавил Экономический комитет при Совете Министров Польши. Бальцерович предложил свой план скорейшего перехода от плановой государственной экономики, оставшейся в наследство от Польской Народной Республики, к рыночным отношениям и главенству частной собственности. Предлагавшийся комплекс реформ получил название «План Бальцеровича», но часто именовался «шоковой терапией».
«План Бальцеровича» предполагал строгое ограничение инфляции, приведение к равновесию в течение года государственного бюджета, товарного и денежного рынков, перевод всех сфер экономики на рыночные начала. Для этого повышались розничные цены, сокращались бюджетные дотации, ограничивались денежные доходы, а для предприятий вводилась частичная внутренняя обратимость злотого и устанавливался его единый курс.
Несмотря на успех реформы, её социальные последствия уже в первый год начали вызывать недовольство и противоречивые оценки. Бальцерович сохранил свой пост в кабинете Яна Кшиштофа Белецкого, но в декабре 1991 года правительство Яна Ольшевского было сформировано уже без его участия.
После ухода из правительства Бальцерович работал приглашенным научным сотрудником Университета Брауна и Центра анализа европейской политики в Вашингтоне (США). В том же году был избран профессором Варшавский школы экономики. В качестве советника принимал участие в экономических реформах в России и других странах СЭВ.
В апреле 1994 года вместе с Тадеушем Мазовецким, Брониславом Геремеком, Ханной Сухоцкой и Яном Белецким основал центристскую политическую партию «Уния Свободы» и был избран её председателем. В 1997 году партия заняла на выборах третье место, набрав 13 % голосов и вошла в правящую коалицию. 31 октября 1997 года Бальцерович занял пост заместителя Премьер-министра и министра финансов в правительстве Ежи Бузека.
8 июня 2000 года, видя скорый развал правящей коалиции, Бальцерович ушел в отставку. Президент Александр Квасьневский вскоре назначил его председателем Национального банка, и Сейм утвердил его кандидатуру голосами «Солидарности» и «Унии Свободы». Он был Председателем Национального банка Польши с 10 января 2001 года по 10 января 2007 года. В связи с назначением Бальцерович покинул пост Председателя партии «Уния Свободы».
В 2000—2002 годах Бальцерович был также советником Президента Грузии Эдуарда Шеварднадзе по экономическим вопросам.
В 2003 году в Цюрихе Лешек Бальцерович был избран членом престижной Группы авторитетов Международного института финансов.
11 ноября 2005 года Президент Польши Александр Квасьневский вручил Бальцеровичу высшую награду страны — Орден Белого орла — и отметил, что без Бальцеровича путь Польши в Европейский союз был бы более долгим, если бы вообще состоялся.
В июле 2007 года аналитический центр European enterpris institute (Брюссель) присвоил Бальцеровичу титул «самого крупного реформатора в странах Евросоюза»
В июне 2008 года занял пост председателя Совета некоммерческой исследовательской организации Брейгель.
В октябре 2008 года Лешек Бальцерович стал одним из 8 членов Европейской экспертной группы по разработке рекомендаций по предотвращению последствий мирового финансового кризиса в странах Евросоюза во главе с директором-распорядителем МВФ в 1978–1987 Жаком де Ларозьером.
С 2015 года профессор Бальцерович по приглашению президента Петра Порошенко дает экономические консультации в Украине. Бальцерович рассматривался на Банковой как один из возможных претендентов, чтобы заменить на посту премьера Арсения Яценюка.
С 22 апреля 2016 года представитель Президента Порошенко в Кабинете министров и сопредседатель группы поддержки реформ в Кабмине. Одним из направлений своей деятельности в новой должности Бальцерович назвал активную работу с западными инвесторами и политиками для представления реальной ситуации в Украине.
В апреле 2017 года Лешек Бальцерович, как и планировал изначально, завершил свою миссию в Украине и не продлил сотрудничество со стратегической группой советников по поддержке реформ (SAGSUR).
19.01.2021