В 1986 году окончил Киевское высшее военно-морское политическое училище.
В 2000 году окончил Харьковскую национальную академию городского хозяйства.
В январе 1999 года принят на службу в Государственную таможенную службу Украины на должность инспектора.
Проходил службу на должностях заместителя начальника отдела по борьбе с контрабандой Киевской региональной таможни, начальника отдела тарифов и таможенной стоимости Киевской региональной таможни Государственной таможенной службы Украины.
С 12.2002 г. Заместитель начальника Киевской региональной таможни.
С 03.2004 г. Начальник Управления информационного обеспечения и таможенной статистики Государственной таможенной службы Украины.
С 10.2005 г. Начальник Киевской региональной таможни Государственной таможенной службы Украины.
С 28.01.2009 по 22.03.2010 г. Председатель Государственной таможенной службы Украины.
С 05.06.2014 по 23.03.2015 заместитель Председателя Государственной фискальной службы Украины.
Фактически Макаренко арестовали за выполнение им условий российско-украинского государственного договора от 19 января 2009 года, в котором предусматривалось «преодолении газового кризиса января-2009, и устранение посредника — швейцарской компании РосУкрЭнерго». Арест Макаренко был произведён «Службой безопасности Украины» (СБУ), которую возглавлял бывший руководитель Макаренко по таможне — Валерий Хорошковский. Острота проблемы заключается также в том, что В. Хорошковский является бизнес-партнёром Д. Фирташа (главный приватный совладелец швейцарской фирмы РосУкрЭнерго). Арест Макаренко был местью за участие в устранении РосУкрЭнерго из схемы поставки природного газа на Украину.
30 сентября 2010 дело Макаренко (по обвинению в «служебной халатности») было закрыто «из-за отсутствия доказательной базы», но СБУ открыла дело о злоупотреблении служебным положением (статья 364 Уголовного кодекса Украины). 12 октября 2010 (через 12 дней после открытия уголовного дела) СБУ заявила об окончании следствия и передала материалы дела на ознакомление адвокатам Макаренко (всего 46 томов).
19 июля 2012 года Макаренко А.В. был приговорён к 4 годам лишения свободы условно.
3 марта 2014 года по решению Печерского районного суда г. Киева Макаренко Анатолий Викторович был освобождён от криминальной ответственности и признан несудимым.
14.01.2016