1980-1981 гг. - студент философского факультете Карлова университета. 1981-1986 гг. - учился в МГИМО.
1988 г. – проходит учебную программу ООН по разоружению.
1990-1995 гг. - первый секретарь чехословацкой (затем - чешской) делегации в ООН.
1995-1996 гг. - глава департамента по связям с ООН министерства иностранных дел Чехии.
1996-1998 гг. - глава департамента политики безопасности там же.
1998-2001 гг. - посол Чехии в Литве.
В 2001-2002 был заместителем министра обороны.
2003-2005 гг. - посол Чехии в Великобритании
2005-2009 гг. - постоянный представитель Чехии при НАТО.
Май-ноябрь 2009 года - министр по европейским делам.
С 9 февраля 2010 года по 31 октября 2014 года - европейский комиссар по вопросам расширения и политики добрососедства. Вошел во второй состав Еврокомиссии под руководством Жозе Мануэла Баррозу. Таким образом, он сменил Владимира Шпидлу в качестве представителя Чехии в Еврокомиссии. В 2014 году Штефана Фюле сменил австриец Йоханнес Хан.
В 2014 году отвечал за подготовку соглашения об ассоциации Украины и Европейского союза.
Свободно владеет английским и русским языками.