После этого занял должность президента юридической фирмы «ЮРИС» (г. Киев).
В 1997—1998 гг. — председатель правовой комиссии Украинского союза промышленников и предпринимателей.
С июня 2001 по ноябрь 2002 г. — советник Премьер-министра Украины на общественных началах.
Был членом координационного Комитета по приватизации стратегически-важных предприятий при Президенте Украины; внештатным консультантом Комитета Верховной Рады Украины по вопросам топливно-энергетического комплекса, ядерной политики и ядерной безопасности; членом коллегии Министерства юстиции Украины; вице-президентом Украинского Союза промышленников и предпринимателей; первым заместителем председателя Партии промышленников и предпринимателей Украины.
В 2001–2002 годах – советник премьер-министра Анатолия Кинаха на общественных началах.
В 2002 году избран в Верховную Раду по списку блока «За единую Украину!» (№13). Был заместителем председателя Партии промышленников и предпринимателей. Занимал должность первого заместителя председателя парламентского комитета по вопросам правовой политики.
На парламентских выборах 2006 года депутатский мандат получил по списку блока «Наша Украина» (№13). Был заместителем председателя фракции «Наша Украина» и первым заместителем председателя Партии промышленников и предпринимателей.
На досрочных парламентских выборах 2007 года избран в Верховную Раду по списку блока «Наша Украина – Народная самооборона» (№ 14). Был заместителем руководителя избирательного штаба НУНС.
В ноябре 2007 года Николай Онищук какое-то время отказывался коалиционное соглашение между БЮТ и НУНС. Тогда он заявил, что не ставит визирует документ из-за того, что видит определенные расхождения в видении будущего государства между президентом и фракцией «Наша Украина – Народная самооборона». Позже Николай Васильевич все же подписал коалиционное соглашение.
18 декабря 2007 года Верховная Рада назначила Николая Онищука министром юстиции, пост занимал по март 2010 года.
Член президиума партии Наша Украина.
С 2010 года - президент Института правовой политики.
Осенью 2012 г. баллотировался в народные депутаты в Верховную Раду VII созыва от партии Наша Украина (№18 в списке), однако партия не преодолела 5-процентный барьер.
15.07.2014