В 1996-1998 годах работал на различных должностях в Новоград-Волынском горисполкоме.
С сентября 1998 года заместитель начальника управления по вопросам экономики и собственности Ровенской областной государственной администрации.
С февраля 2001 года председатель Гощанской райгосадминистрации Ровенской области.
В 2004-2005 заместитель председателя Ровенской областной государственной администрации.
В 2005 году защитил диссертацию по специальности «Механизмы государственного управления» и получил ученое звание кандидата наук государственного управления. *С 2005-2006 год заместитель генерального директора ООО «Кратос», г. Ровно.
Июнь 2006 - октябрь 2007 заместитель председателя Ровенской областной государственной администрации.
С ноября 2007 года - первый заместитель председателя Ровенской областной государственной администрации.
В июле 2010 назначен на должность главы Государственного комитета Украины по государственному материальному резерву. В январе 2011 уволен с должности соответствующим приказом президента.
С января 2013 года Юрий Благодыр был избран депутатом по списку ПР (№78) после досрочного прекращения 25 декабря 2012 Радой полномочий Леонида Кожары в связи с назначением его министром иностранных дел.
20 февраля 2014 года вышел из фракции Партии регионов в Верховной Раде.
11.06.2014