В Киргизию его доставили спецрейсом, который приземлился на американскую авиабазу Манас. Конгантиев помещен в следственный изолятор киргизской службы безопасности.
Главное, в чем обвиняется сторонник сверженного президента, — это в подавлении массовых волнений 6—7 апреля, в результате которых погибли 84 человека. За это ему грозит пожизненное заключение. Ранее 6 апреля его пытались линчевать жители города Талас, куда он прибыл на переговоры со сторонниками оппозиции. У Конгантиева также есть сторонники, которые в Бишкеке организовали импровизированный митинг перед зданием парламента. Акция заявлена как бессрочная, до момента выхода Конгантиева из-под стражи. В регионах его сторонники в количестве 500 человек в знак протеста перекрыли трассу Бишкек—Ош. Правда, вряд ли эти акции могут послужить дестабилизирующим фактором в регионе, все же большинство киргизов считают, что экс-глава МВД виноват в гибели штурмующих парламент людей, по которым был открыт огонь на поражение, в том числе и по его приказу.
Арест Конгантиева показал, что где-где, а в России уже не смогут найти пристанище Курманбек Бакиев, а также его родные, против которых на родине возбуждены уголовные дела, хотя первому президенту Киргизии Аскару Акаеву Москва предоставила убежище. Скорее всего, Москва, которая встала на сторону временного правительства Киргизии, будет активно помогать и в поиске вывезенных семьей Бакиева миллионов. Например, у России есть свои претензии к сыну Бакиева Максиму, фактически распоряжавшемуся траншем российского кредита в $400 млн.