Присоединившийся к Apple в 2001 г., Фэделл в 2006 г. занял должность вице-президента iPod Division, сменив на этом посту Джона Рубиншейна (Jon Rubinstein), ставшего главным исполнительным директором Palm. В конце 2008 г. Фэделл объявил об уходе из Apple по собственному желанию. В рамках специального соглашения он стал советником Джобса с ежегодной компенсацией в размере $300 тыс. В марте 2010 г. это соглашение истекает.
На место Фэделла в 2008 г. был назначен бывший сотрудник IBM Марк Папермастер (Mark Papermaster). IBM негативно отнеслась к переходу своего сотрудника в конкурирующую компанию и подала в суд. В конце 2008 г. он постановил, что Папермастер должен немедленно прекратить работу в Apple, поскольку этим действием он нарушает договор со своим прежним работодателем. В настоящее время он занимает должность старшего вице-президента по разработке аппаратного обеспечения продуктов «яблочной» компании.
По словам Тони Фэделла, он собирается погрузиться в сферу «зеленой» энергетики, где будет играть роль консультанта по различным вопросам, включая финансовые. Работая в одной команде со Стивом Джобсом, Фэделл, помимо прочего, принимал активное участие в разработке iPhone.