Причиной конфликта между двумя государствами стал длящийся уже 18 лет спор о линии морской границы в Пиранском заливе - в северной части Адриатического моря. Стороны не могли преодолеть разногласия с 1991 года, когда обе республики бывшей Югославии провозгласили независимость от Белграда.
Хорватия настаивает на проведении границы по середине бухты, а Словения опасается, что в результате для нее будет закрыт выход к открытому морю.
Нерешенность территориального вопроса стала причиной не только некоторой напряженности в отношениях между двумя странами, но и усложнила процесс приближения Хорватии к Евросоюзу. Ранее Загреб заявил, что внешнеполитическим приоритетом страны является вступление в ЕС.
Хорватия получила статус кандидата в члены ЕС осенью 2004 года, однако в декабре 2008 года Словения, член ЕС с 2004 года, заблокировала технические переговоры о присоединении Хорватии к Евросоюзу до разрешения двухстороннего территориального спора с Загребом.
Осенью 2009 года Словения и Хорватия подписали соглашение, позволяющее международному арбитражу разрешить территориальный спор. Решение арбитража будет иметь обязательную силу для обеих сторон, а также будет защищать доступ Словении к международным морским путям.
Как пояснили словенском суде, арбитражный договор не определит границы между двух стран, а только определяет механизм мирного урегулирования пограничного спора.
Парламент Хорватии соглашение об арбитраже ратифицировал. Словения этого еще не сделала. После утверждения Конституционного суда страны, что соглашение об арбитраже соответствует словенским законам, оно может пойти на ратификацию в парламент. Вместе с тем, некоторые парламентские партии еще могут затребовать, чтобы вопрос об урегулировании спора с Хорватией был вынесен на общенациональный референдум.