Родился 19 октября 1972 в Коканде, Узбекистан.
1989-1995 гг. — учился в Киевском политехническом институте на факультет прикладной математики по специальности "Математическое обеспечение системы автоматизации".
1995-1996 гг. — получил второе высшее образование в Финансово-экономическом институте при Черниговском технологическом институте по специальности "Учет и аудит".
В октябре 2000 года защитил диссертацию на соискание ученой степени кандидата экономических наук.
В 2003 году получил учёное звание доцента по кафедре эконометрии, учета и аудита.
В январе 2008 года защитил диссертацию на соискание ученой степени доктора экономических наук.
В октябре 2008 года получил ученое звание профессора по кафедре менеджмента.
Женат. Супруги воспитывают дочь.
С апреля по сентябрь 1995 года — инженер-конструктор Нежинского НПК "Прогресс".
С июля 1996 года по август 1996 года — ассистент на кафедре менеджмента в Черниговском технологическом институте.
С сентября 1996 по май 1998 года — преподаватель кафедры эконометрии учета и аудита в Черниговском технологическом институте.
С июня 1998 по апрель 2001 — старший преподаватель кафедры эконометрии, учета и аудита в Черниговском государственном технологическом университете.
С июня 1999 по июль 2003 года — проректор по учебно-воспитательной работы в Черниговском институте информации, бизнеса и права Международного научно-технического университета (по совместительству).
С апреля 2001 по июль 2003 года — доцент кафедры эконометрии, учёта и аудита в Черниговском государственном технологическом университете.
С июля 2001 года — ректор Черниговского института информации, бизнеса и права Международного научно-технического университета имени академика Юрия Бугая.
С сентября 2006 года — профессор кафедры менеджмента Международного научно-технического университета имени академика Юрия Бугая.
С мая 2010 года — ректор Черниговского государственного технологического университета.
17 июня 2020 года — премьер-министр Денис Шмыгаль внес в Верховную Раду проект постановления о назначении Сергея Шкарлета министром. Профильный комитет Рады не поддержал назначение.
26 июня 2020 года — назначен исполняющим обязанности министра образования. Решение принято на заседании Кабинета министров.
17 декабря 2020 года Верховная Рада назначила Сергея Шкарлета министром образования и науки. 20 марта 2023 года Верховная Рада поддержала увольнение Сергея Шкарлета с должности министра образования и науки.
В 2004 и в 2010 году поддерживал на президентских выборах Виктора Януковича и Партию регионов. Баллотировался в Черниговский областной совет от Партии регионов в Деснянском районе Чернигова на местных выборах. В 2010-2015 гг. — депутат Черниговского облсовета.
В 2015 году баллотировался в Черниговский областной совет как представитель Блока Петра Порошенко, но выборы проиграл.
Согласно декларации за 2019 год, у Шкарлета нет имущества. Квартира площадью 77 кв. м записана на жену.
У Шкарлета два автомобиля - Toyota Land Cruiser 200 2011 года выпуска и Mitsubishi Pajero Wagon 2013 года. У жены - Ford Kuga Titanium 2012 года.
За 2019 год он получил 509 577 грн зарплаты.
20.03.2023