Образование высшее, в 1987 году закончил Украинскую сельскохозяйственную академию, в 2005 году - Академию труда и социальных отношений Федерации профсоюзов Украины, получил квалификацию экономиста-организатора сельскохозяйственного производства и юриста.
1991 - 1994 гг. - депутат Киевского горсовета и депутат Московского райсовета в г. Киеве.
В 1993 году был командирован в Посольство Украины в Республике Польша, где работал на должностях советника по экономическим вопросам, руководителя торгово-экономической миссии в Посольстве Украины в Республике Польша, временно поверенный в делах Украины в Республике Польша.
2000 - 2002 - советник Премьер-министра Украины.
С 2001 года работал на руководящих должностях в Администрации Президента Украины.
С 2007 года по март 2010 г. - в Секретариате Кабинета Министров Украины (с 2008 года - в должности заместителя Министра Кабинета Министров Украины - начальника управления по вопросам деятельности органов юстиции и правоохранительных органов).
На парламентских выборах 2012 года Сергей Чеботарь был № 125 в избирательном списке ВО «Батькивщина».
С 2013 до 2014 г.. - помощник-консультант народного депутата Украины.
С 5 марта 2014 года Сергей Чеботарь заместитель Министра внутренних дел Украины - руководитель аппарата.
Уже через несколько часов Сергей Чеботарь на официальном сайте МВД обнародовал заявление, что он не имеет дом в селе Лесники Киевской области. Однако журналисты "Наших грошей" выяснили, что нападавшими были зять Чеботаря Олег Полищук и его бизнес-патнер Сергей Гаврилко, а дом принадлежит именно дочери Чеботаря Оксане.
13 мая группа народных депутатов, из-за скандала с Чеботарем, зарегистрировала проект постановления об увольнении министра МВД Арсена Авакова, а уже через несколько часов было обнародовано заявление Чеботаря о своей отставке.
В тот же день, заместитель министра внутренних дел Сергей Чеботарь подал в отставку.
14 мая 2015 года правительство удовлетворило отставку Сергея Чеботаря с должности заместителя министра внутренних дел и назначило на его место Алексея Тахтая.
За весомый вклад в развитие украинского-польских экономических отношений награжден польским орденом "Кавалерский Крест - За заслуги" (1999) и почетной грамотой Кабинета Министров Украины (2008) за весомый личный вклад в развитие украинского образования и науки, многолетний добросовестный труд , высокий профессионализм. Почетный профессор Национального университета биоресурсов и природопользования Украины.
Имеет II ранг государственного служащего. Заслуженный экономист Украины.
03.02.2016