В 1987 г. стал одним из основателей Канадской партии реформ.
В 1988 г. работал помощником члена Палаты общин от Партии реформ Д.Грей.
В 1993 г. был избран в Палату общин.
В 1997 г. Харпер прервал парламентскую деятельность и занял пост Президента Национальной коалиции граждан — общественной организации, занимавшейся защитой фундаментальных политических и экономических свобод канадцев.
С 2002 г. — депутат Палаты общин. Становится лидером Канадского консервативно-реформистского альянса. В этом качестве до конца 2003 г. являлся руководителем «официальной оппозиции».
20 марта 2004 г. избран лидером объединённой Консервативной партии Канады и лидером оппозиции в Палате общин.
23 января 2006 г. на парламентских выборах Консервативная партия Канады заняла первое место (124 мест в Парламенте из 308-и). И хотя ни одной партии, в том числе Консервативной, не удалось занять большинство депутатских кресел, как лидер партии, получившей относительное большинство голосов избирателей, Харпер 6 февраля 2006 года был назначен премьер-министром Канады.
15 ноября 2014 Стивен Харпер посоветовал российскому президенту ладимиру Путину «убраться из Украины», об этом он заявил во время короткой встречи перед открытием в Брисбене саммита G20. Путин первым протянул руку, Харпер этот жест принял, но при этом отметил: «Думаю, я должен пожать Вашу руку, но я могу сказать только одно: вы должны убраться из Украины».
После проигрыша консерваторов на парламентских выборах в октябре 2015 перешел в оппозицию.
20 октября 2015 года объявил о своём уходе в отставку, так как Консервативная партия Канады проиграла выборы в парламент Канады.
После поражения на парламентских выборах 2015 года Харпер подал в отставку с поста премьер-министра и лидера Консервативной партии. В августе 2016 года ушёл из политики, досрочно подав в отставку с поста депутата парламента.
В октябре 2008 года Консервативная партия получила меньшинство на федеральных выборах, показав небольшое увеличение процента голосов избирателей и увеличив представительство в Палате общин Канады до 143 из 308 мест. Из-за низкой явки избирателей произошло некоторое уменьшение общего количества голосов, поданных за Консервативную партию. На федеральных выборах в мае 2011 года Консервативная партия во главе с Харпером одержала победу (166 мест в Парламенте из 308-и) и таким образом впервые с 2000 года в Канаде было образовано так называемое правительство большинства.
Харпер интересуется хоккеем и болеет за калгарскую хоккейную команду Калгари Флэймз. Его отец был автором произведений о хоккее и он сам признался, что тоже пишет книгу об этом виде спорта. Харпер также снялся в эпизодической роли в одном из канадских ситкомов осенью 2007 года.
09.02.2017