В 1982 году с отличием окончил юридический факультет Киевского государственного университета им. Т. Шевченко.
По окончании института получил предложение работать в органах внешней разведки. С декабря 1983 года служил в органах государственной безопасности СССР и Украины на оперативных и руководящих должностях.
С начала 1990-х годов начал работать по линии противодействия международным террористическим группировкам через разведывательные каналы. С декабря 1998 по апрель 2005 гг. был заместителем председателя госкомитета Украины по делам религий. 3 апреля 2005 года Президент Виктор Ющенко назначил Маломужа главой Службы внешней разведки Украины. В 2008 году получил звание генерал армии Украины. 18 июня 2010 года новый Президент Виктор Янукович уволил Маломужа с должности председателя Службы внешней разведки Украины и назначил его своим внештатным советником. В октябре того же года уволен с военной службы в запас по состоянию здоровья с правом ношения военной формы одежды. 24 февраля 2014 г. и. о. президента Александр Турчинов подписал указ об увольнении Маломужа с должности советника. В 2014 году Маломуж также баллотировался в президенты Украины. 01.04.2013