Галло-римский музей появился в Тонгерене в 1954 году. Однако на сайте учреждения уточняется, что его история ведется с середины XIX века. Именно тогда Королевское историческое и археологическое общество Тонгерена начало проводить раскопки и коллекционировать предметы, имеющие отношение к истории региона. Впервые собранная обществом коллекция была продемонстрирована публике еще в 1854 году.
В 2006 году началось строительство нового здания музея. Оно продолжалось несколько лет, что и позволило учреждению получить премию "Европейский музей года". Дело в том, что, согласно существующим условиям, претендовать на награду могут только новые музеи, открытые не позднее двух лет назад, или музеи, прошедшие в течение последних двух лет модернизацию.
Премия "Европейский музей года" вручается с 1977 года. Она была учреждена археологом Кеннетом Хадсоном. В 2010 году лауреатом премии стал музей-аквариум Ozeaneum из немецкого города Штральзунд.