В последнее время у Тони испортились отношения с наставником команды. Итальянский форвард потерял место в составе, так как ван Галь предпочитает использовать в нападении немцев Марио Гомеса и Томаса Мюллера.
7 ноября Тони, замененный тренером в ходе матча чемпионата Германии с «Шальке» (1:1), проявил свое недовольство заменой, был оштрафован за свое поведение и принес извинения ван Галю.
Считается, что Тони может быть продан в другой клуб в январе 2010 года. Одним из вариантов продолжения карьеры форварда называется итальянская «Рома».
24 ноября в интервью итальянскому телеканалу RAI 3 Тони заявил, что он хочет вернуться в итальянский чемпионат и в сборную Италии. Форвард подчеркнул, что покинуть «Баварию» он хочет из-за плохих отношений с тренером.
Тони перешел в мюнхенский клуб в 2007 году из итальянской «Фиорентины». В сезоне-2007/08 форвард забил 24 мяча в чемпионате Германии и стал лучшим бомбардиром бундеслиги. В сезоне-2008/09 форварда преследовали травмы. Летом 2009 года тренером «Баварии» стал ван Галь, и Тони потерял место в составе.
В чемпионате Германии сезона-2009/10 Тони провел только четыре матча и не забил ни одного гола. «Бавария» в 13 встречах набрала 21 очко и расположилась на седьмом месте в турнирной таблице.
В четырех турах группового этапа Лиги чемпионов мюнхенцы набрали четыре очка. У лидирующего в группе французского «Бордо» 10 очков, на счету занимащего второе место туринского «Ювентуса» - восемь очков. 25 ноября в матче пятого тура «Бавария» на своем поле сыграет с «Маккаби».