Комментируя версию Генпрокуратуры о том, что именно Кравченко "заказал" убийства журналиста, экс-заместитель главы МВД - начальник криминальной милиции (1998-2003) Владимир Мельников отметил: "Не верю и не поверю никогда. Юрий Кравченко не мог пойти на это по ряду причин. Судите сами: что-то может быть секретом только тогда, когда об этом знают два-три человека. В случае же с Гонгадзе был задействован широкий круг лиц. Сегодня уже известно, что за журналистом долгое время следили, его контролировали, собирали какие-то материалы. Об этом знали десятка два людей. Такой опытный человек, как Кравченко (а я с ним проработал около пяти лет), при таком количестве осведомленных людей никогда бы на подобное не пошел. Даже если допустить, что он принял такое решение и отдал приказ, то человек бы просто пропал без вести. А что получилось потом, все знают – все пошло через пень-колоду".
Мельников также подчеркнул, что не видит у Кравченко мотива для убийства журналиста: "Зачем это ему? Разве Георгий Гонгадзе что-то сделал министру, чтобы тот дал отмашку его ликвидировать? Ничего он не сделал. Поэтому еще раз повторю: я не верю и никогда не поверю в то, что Кравченко принял решение о физической ликвидации Георгия Гонгадзе. Возможно, за спиной министра какие-то моменты возникали..."
В ответ на просьбу журналиста "Коммерсанта" пояснить такие действия "за спиной", экс-зам Юрия Кравченко отметил: "Я не знаю, давал ли вообще кто-то Пукачу команду ликвидировать журналиста. Я вообще не понимаю, зачем Пукачу было давать команды. Он – генерал, работал в самостоятельной структуре, и сам принимал решения. Если все это произошло, то это было его решение".
Мельников предположил, что у Пукача могли быть "разные" мотивы для совершения этого преступления. "Например, карьерные", - подчеркнул он. Однако при этом Владимир Мельников отметил, что не может объяснить, почему Пукач пошел на убийство: "Почему он это сделал – у меня ответа нет. Знаете, все настолько абсурдно и непонятно... Если бы все делалось профессионально, причем, как утверждают, по прямому указанию первого лица, то... Но все сделано непрофессионально, непонятно каким способом! И непонятно, почему через десять лет именно так поставили точку".
Бывший начальник криминальной милиции также рассказал, что Алексей Пукач теоретически был вхож в кабинет главы МВД: "Он был генералом милиции, начальником самостоятельного управления... Понятно, что теоретически он мог приходить для докладов (к Юрию Кравченко – прим. ред.).