Сразу же после образования ПФК «Севастополь» был зачислен во вторую лигу чемпионата Украины. В группе «Б» крымчане выступали вплоть до 2007-го года, по итогам сезона повысившись в классе.
Дебютный сезон в первой лиге получился для севастопольцев сложным – команда заняла 15-е место в итоговой таблице, лишь на четыре очка отдалившись от зоны вылета. Руководством и футболистами были сделаны соответствующие выводы из своего выступления. В следующем году ПФК «Севастополь» занял четвертое место, а прошлый сезон завершил на вершине и, как следствие, вышел в Премьер-лигу!
Естественно, за время проведения чемпионата Украины пути «Севастополя» и «Динамо» не пересекались. А вот со второй динамовской командой за три сезона крымчане наигрались вдоволь, проведя шесть матчей. Три победы на свой счет записало «Динамо-2» и трижды успех праздновал «Севастополь», разница мячей – 6:9 в пользу крымчан.
В элитном дивизионе «Севастополь» стартовал довольно удачно. После стартовых трех туров подопечные Сергея Шевченко не пропустили ни одного мяча – единственные среди 16-ти участников Премьер-лиги! Впрочем, в атаке крымчане также не особо преуспели, забив лишь один мяч (отличился Игорь Худобяк). Добыв одну победу и дважды сыграв вничью, «Севастополь» с пятью очками в активе занимает шестое место в турнирной таблице.
Примечательно, что домашние матчи в первой части нынешнего сезона новичок элитного дивизиона вынужден проводить не в Севастополе, а в столице Крыма – Симферополе, на РСК «Локомотив». Дело в том, что домашний стадион клуба, СОК «Севморзавод», не отвечает требованиям Премьер-лиги, поэтому жители Севастополя останутся без футбола минимум на ближайшие несколько месяцев. Следующим же испытанием для новичка элитного дивизиона станет матч против «Динамо», который и продемонстрирует готовность команды к выступлению среди сильнейших команд Украины.