Родился 30 мая 1974 года в селе Оситняжка Новомиргородского района Кировоградской области.
Женат, имеет дочь и сына.
С 1999 года работал в Управлении СБУ Украины в Черкасской области, некоторое время занимал должность начальника областного отдела «Т» - по контролю за политическими партиями и процессами, а в
2010-2014 годах был заместителем начальника Управления СБУ в Черкасской области.
В марте 2014 Президиум Народного Совета Черкасской области рекомендовала Кабинету министров Украины назначить Кононенко главой УСБУ в Черкасской области.
С марта 2014 был первым заместителем начальника Управления СБУ в Черкасской области.
14 февраля 2017 возглавил Департамент защиты национальной государственности (Департамент «Т») СБУ.
10 июля 2017 назначен заместителем председателя СБУ указом президента Украины
.
Считают, что на должность заместителя председателя Службы его рекомендовал президенту начальник СБУ генерал Грицак.
31 мая 2019 года Виктор Кононенко подал в отставку. 3 июня 2019 года Президент
уволил Виктора Кононенко с должности заместителя главы Службы безопасности Украины.
03.06.2019