В 1979 году окончил стоматологический факультет Туркменского государственного медицинского института, затем аспирантуру. Доктор медицинских наук, профессор по специальности «социальная гигиена и организация здравоохранения».
С 1982 года по 1985 год — главный внештатный стоматолог Ашхабадского района.
С 1985 по 1987 год являлся заведующим стоматологическим отделением Центральной районной больницы сельсовета Кеши Ашхабадского района и главным внештатным стоматологом Ашхабадской области.
1990—1995 гг. — ассистент кафедры терапевтической стоматологии, доцент, декан стоматологического факультета Туркменского государственного медицинского института.
1995—1997 гг. — директор стоматологического центра министерства здравоохранения и медицинской промышленности Туркменистана.
С 1997 года — министр здравоохранения и медицинской промышленности Туркменистана.
С 2001 года — заместитель председателя кабинета министров Туркменистана (председателем кабинета министров Туркмении являлся сам Ниязов). В ноябре 2006 года представлял Туркмению на саммите СНГ в Минске.
В прессе задолго до кончины С. А. Ниязова были распространены слухи, согласно которым, Гурбангулы Бердымухамедов — внебрачный сын Туркменбаши, косвенным свидетельством чему называлось внешнее сходство и тот факт, что долгое время мало было известно о родителях Бердымухамедова, а также непотопляемость на посту министра.
После смерти Ниязова возглавил похоронную комиссию и стал по решению Государственного совета безопасности исполняющим обязанности президента. В соответствии с Конституцией Туркмению должен был возглавить Овезгельды Атаев — председатель меджлиса, но против него внезапно было возбуждено уголовное дело.
Получил 26 декабря на заседании Халк маслахаты (Народного совета) единогласную поддержку 2507 делегатов высшего органа власти страны в качестве кандидата в президенты Туркмении.
Победил на выборах президента 11 февраля 2007 года с результатом 89,23 % и стал вторым президентом Туркмении.
Утром 14 февраля 2007 года ЦИК Туркмении объявил имя победителя, сразу после этого началась инаугурация нового президента. Бердымухамедову вручили удостоверение президента и отличительный знак в виде золотой цепочки с восьмигранной эмблемой. Новый президент прошёл по белому ковру, символизирующему светлый путь. Ему преподнесли сачак — завернутый в скатерть хлеб, колчан со стрелами, Коран и «Рухнаму».
Первый официальный визит нанёс в Саудовскую Аравию. Президент посетил святыни исламского мира, совершил священный хадж умра.
23 апреля 2007 приехал с официальным визитом в Москву и провёл встречу с Путиным, в ходе которой обсуждались газовые контракты, сотрудничество в области медицины и образования и внешнеполитическая ориентация новых туркменских властей.
4 августа 2007 года избран председателем Общенационального движения «Галкыныш» и Демократической партии Туркменистана.
Победил на выборах президента 12 февраля 2012 года с результатом 97,14 %.
В 2013 году приостановил членство в Демократической партии Туркменистана на время своего президентства.
12 февраля 2017 года президент Туркменистана Гурбангулы Бердымухамедов переизбран на новый срок. Согласно новой Конституции Туркменистана, срок полномочий президента, избранного на этих выборах, составит 7 лет, а не 5, как раньше. Также снято верхнее возрастное ограничение в 70 лет для избрания президентом страны. Теоретически, это гарантирует Бердымухамедову пожизненное правление.
В феврале 2022 года Бердымухамедов сообщил, что планирует уйти с должности, после чего были назначены досрочные президентские выборы на 12 марта 2022 года.
Данное решение Бердымухамедов обосновал желанием «дать дорогу молодым к государственному управлению». 14 февраля на внеочередном съезде Демократической партии Туркменистана вице-премьер и сын президента Сердар Бердымухамедов был выдвинут кандидатом на пост главы государства. На выборах по данным ЦИК Туркменистана, Сердар Бердымухамедов набрал 73 % голосов избирателей, и вступил в должность 19 марта. Таким образом, впервые в Средней и Южной Азии фактически состоялась передача власти от отца к сыну.
С 1 июля 2008 г. Туркменистан вернулся к григорианскому календарю.
Экономическая политика Бердымухаммедова этого времени характеризовалась стремлением сблизиться с Западом. В октябре 2007 г. Туркменистан вместе с Грузией отказался подписывать Концепцию развития СНГ, предполагавшую формирование "интегрированного экономического и политического объединения заинтересованных государств". Бердымухаммедов поддержал идею проведения Транскаспийского газопровода, который позволил бы Европе получать туркменский газ в обход России. В то же время было достигнуто окончательное соглашение между Туркменистаном, Казахстаном и Россией о начале строительства Прикаспийского газопровода, который должен увеличить объем поставок туркменского газа в РФ.
По инициативе Бердымухаммедова была принята Конституция, которая упразднила Народный совет - высший орган законодательной власти, и, по мнению экспертов, в значительной степени увеличила полномочия главы государства.
2009 г. ознаменовался новыми реформами. Так, Бердымухаммедов утвердил новую военную доктрину Туркменистана, сохранявшую ее нейтральный статус и предусматривавшую переход армии на контрактную основу.
В 2009 г. Туркменистан объявил об увеличении поставок газа в Иран и о строительстве нового туркмено-иранского газопровода. Кроме того, Бердымухаммедов сообщил о готовности его страны участвовать в проекте газопровода Nabucco в обход России.
17.06.2022