Родился 21 февраля 1956 года в Воркуте в многодетной украинской семье.
В 1979 году окончил Киевский медицинский институт (специализация - хирургия).
В 1983-м прошел клиническую ординатуру в НИИ Института сердечно-сосудистой хирургии.
В 1997 году защитил кандидатскую диссертацию, в 2002-м - докторскую. Автор более 70 научных работ по кардиохирургии.
Женат. Вместе с супругой воспитал двух сыновей.
После получения лицензии на ведение медицинской практики в Австралии, Канаде и Франции с 1993 по 1998 гг. работал детским кардиохирургом в главных центрах кардиохирургии этих стран.
В 1993-м - резидент-кардиохирург в Children's Hospital (Сидней, Австралия), в 1994-м - штатный кардиохирург в Hospital for Sick Children (Торонто, Канада), в 1996-м - штатный кардиохирург в Royal Children's Hospital (Мельбурн, Автралия), в 1998-м - штатный кардиохирург в Hospital J. Cartier (Париж, Франция).
Емец первым в Украине начал успешно оперировать новорожденных со сложными пороками сердца, внедрять в практику пластические операции на клапанах сердца без использования искусственных протезов.
С 1997 года - руководитель центра детской кардиохирургии Института сердечно-сосудистой хирургии АМН Украины (Киев).
В 2003-м возглавил Научно-практический медицинский центр детской кардиологии и кардиохирургии Минздрава Украины.
21 декабря 2010 года указом президента Виктора Януковича назначен министром здравоохранения Украины (сменил на посту отправленного в тот же день в отставку Зиновия Мытника).
17 мая 2011-го был освобожден от занимаемой должности (официальной причиной глава государства назвал отсутствие реформ во вверенной сфере).
4 марта 2020 года Верховная Рада утвердила новый состав Кабинета министров, Илья Емец назначен министром здравоохранения Украины.
30 марта 2020 года Верховная Рада уволила Илью Емца с должности министра здравоохранения.
Заслуженный врач Украины (1993).
С 1992 года был учредителем клуба Rotary International в Киеве, в котором возглавлял медицинскую гуманитарную программу. В 1993-м стал основателем и президентом международного благотворительного фонда Детское сердце, который содействует помощи детям с врожденными пороками сердца.
30.03.2020