Едукологія присвячена системним дослідженням галузі, де окремі складові або досліджуються окремими науковими дисциплінами (педагогіка, психологія та інші), або призначаються волюнтаристськи, тому основним принципом її буде принцип взаємності, тобто принцип вивчення взаємовідносин, взаємозв’язків та взаємовпливів між окремими структурними складовими вищої школи. Це важливо, оскільки основні проблеми вищої освіти полягають саме у диференционованому підході при розгляді різних аспектів цієї системи.
Проблеми в сучасній вищій освіті настільки значні і поширені настільки широко, що лакувальними (перейменування вузів, наприклад, або призначення статусу) і об'єднувально-роз'єднувальними заходами виправити становище неможливо, які б декларації чиновники від освіти не проголошували.
1. Зміна концепції колективного навчання на концепцію персональних треків навчання призводить до значних змін в методології навчального процесу та у структуруванні викладацького та студентського контингенту:
1.1. Якщо при колективному навчанні основними формами навчального процесу є лекції, семінари та фронтально-бригадні лабораторні роботи, то при переході на індивідуальні траєкторії навчання основними формами занять стають індивідуальні бесіди та консультації, аналітичні заняття в малих групах, теоретико-експериментальні дослідження під керівництвом і при контролі наставника.
1.2. Колективне навчання дозволяє організувати однаковий навчальний процес шляхом навчального планування по роках навчання і напрямкам спеціальності (єдиний навчальний план спеціальності), а також структурування студентського контингенту за групами, потоками і рокам навчання. При індивідуальному навчанні навчальне планування персоналізоване, колективний навчальний план суперечить персональним трекам навчання, а стандартне структурування студентського контингенту вносить некерований хаос у діловодство вузу. Таким чином, вся навчальна документація, орієнтована на колективне навчання, в умовах персоналізації навчання стає непридатною і вимагає концептуального перегляду.
1.3. Концепція болонського процесу, «підвищення мобільності», вимагає зміни внутрішньої структури управління вузом, зокрема, ліквідації або кардинальної зміни функцій деканатів і кафедр. Деканати залишаються реєстраторами успіхів студентів, всі функції управління навчальним процесом і керівництва кафедрами призводять до ущемлення прав студентів і викладачів, проголошені в освітньому просторі болонського процесу. Кафедри відповідно до принципу прагматизації навчання здобувають функції управління спеціальністю, так що залишаються тільки спеціальні та гуманітарні кафедри (коммунікатівістіка і безпека життєдіяльності). Управління навчальним процесом переходить (або, точніше, має переходити) до наставників, що допомагає студентам встановлювати персональні освітні траєкторії і контролювати виконання індивідуального плану студента.
1.4. Колективне навчання дозволяє систематичне вивчення окремих предметів, тому найбільш застосовним стало програмне навчання, що дозволяє підготовку носіїв інструментального знання або інтелектуалів. У свою чергу, індивідуальне навчання тяжіє до проектної методології з використанням мультіпредметних проектів, що виключає програмне навчання на користь практичного вивчення стандартних моделей в обраній спеціальності. При наборі достатньої кількості вивчених моделей приходять до висновку про достатню підготовку фахівця-практика.
2. «Поміщення» всієї вищої школи в прокрустове ложе болонського процесу призводить до значної деінтелектуалізації суспільства в цілому, виправлення цього становища навряд чи можливе без значного фінансового інвестування. Безумовно, улюблене чиновниками від освіти залучення західних фахівців за принципом «приходь до нас тітка Кішка нашу Мишку покачати» ще більш знижує рівень вищої освіти в країні.
2.1. Технологізація навчального процесу в освітньому середовищі болонського процесу не вимагає високої кваліфікації викладання, у зв'язку з чим знижується інтелектуальний рівень викладацького складу, що несе за собою таке ж зниження наукового рівня володарів наукових ступенів і вчених звань. Ця проблема загрожує зниженням рівня наукових досліджень в країні в цілому, чого навряд чи зможуть перешкодити окремі центри науки типу Сколкова.
2.2. Відсутність можливості отримання повної вищої освіти без проміжного бакалаврату по більшості напрямів підготовки знижує науковий потенціал суспільства в цілому і в прикладних наукових дисциплінах зокрема.
2.3. Підвищення мультидисциплінарнсті кафедр ускладнює проведення прикладних досліджень у межах кафедр, що призводить до необхідності організовувати наукові колективи та школи за лабораторним принципом поза підпорядкованості кафедрам. Такий стан справ сприяє прогресу системних досліджень, але змінює усталені управлінські та організаційні процеси, таким чином призводить до опору бюрократії ...
2.4. Персоналізація навчальних траєкторій передбачає значне збільшення часу на самостійне вивчення навчальних дисциплін, а й значне збільшення тимчасового навантаження викладачів в силу необхідності проводити навчання студентів індивідуально або в малих групах. При збереженої тенденції підвищення числа студентів на викладача і, таким чином, скорочення штату у відповідності з проблемою 2.1 якість освіти асимптотично наближається до нуля, що веде до відсутності професіоналізму в масі випускників бакалаврату та спеціалітету.
2.5. Використовувані в освітніх технологіях прийоми і засоби, такі, як тестування, письмові іспити і т.п., ведуть до атрофування вмінь та навичок другої сигнальної системи, що є виключно недоліком ECTS, перейнятих у нас, але який можна ліквідувати.
3. Особливою проблемою є те, що система вищої освіти так і не стала об'єктом наукового дослідження, від чого більшість прийнятих у вищій освіті рішень носить волюнтаристський характер. Система вищої освіти об'єднує в собі структуру, форми, зміст, методологію вищої освіти і управління.
3.1. Практично всі нечисленні наукові дослідження вищої школи стосуються лише однієї складової - методології. Кілька робіт присвячені управлінню та організації навчального процесу. Експериментальні дослідження взагалі відсутні.
3.2. Всі зміни змісту освіти, форм навчання та форм проведення занять, структури вищої школи носять волюнтаристський характер.
3.3. Закон про вищу освіту не має наукового обґрунтування.
4. Усі реформи вищої освіти, ініційовані зверху (МОН, Верховна Рада, Кабінет Міністрів) обмежуються національним рівнем (за визначенням міжнародної стандартної класифікації освіти - МСКО), залишаючи інституціональний рівень практично без змін.
4.1. Вища освіта потребує реформування на інституціональному рівні (рівень вузу за визначенням МСКО), а такі реформи без наукових обґрунтувань в існуючій практиці приречені на поступове згасання або директивне припинення.
4.2. Виникає необхідність організації лабораторії комплексних стратегічних досліджень інституційного та регіонального рівнів вищої освіти, яка могла б дослідити стратегічні моделі вищої освіти на едукологічних принципах.
4.4. В силу особливостей і стратегічної спрямованості досліджень лабораторія повинна мати підпорядкування на рівні регіональної адміністрації або потужного громадського об'єднання.